布希總統在佛羅里達州聞訊後說：「今天我們發生一場全國的悲劇。」紐約市長朱利安尼沈痛表示，這是場毫無預警的恐怖攻擊，死亡人數將會非常可怕。
紐約世貿中心位於下曼哈頓區。攻擊事件發生在美東時間今天上午九點鐘前後，兩架民航機先後撞上兩座高達一百○一層的世貿中心大樓。北棟大樓首先在八點四十五分遭殃，南棟大樓在十八分鐘後被第二架飛機撞擊。兩座大樓立刻爆炸起火，冒出橘紅色火球，上半部被撞出大洞，濃煙瀰漫，遮天蔽日。北棟大樓遭攻擊後約七十五分鐘，轟然一聲坍塌，群眾尖叫逃竄，尋求掩蔽。半小時過後，南棟大樓也遭到同樣命運，全世界最著名的商業大樓已經淪為一片廢墟。
當時正準備到世貿中心上班的艾西薩表示，撞擊爆炸時，他看到好幾具人體從高樓飛出，還有人從第一座遭攻擊的大樓跳樓逃生，場景十分恐怖。據一位聯邦調查局幹員描述，當時有五、六人從爆炸起火的大樓跳下，還有人全身著火，一旁民眾則是驚慌尖叫。
「有線電視新聞網」副總裁莫塔目睹北棟大樓被撞擊經過，他說：「飛機從低空飛來……以小角度撞上世貿中心。」另一目擊者俞嫚女士說：「當時我正在看電視，突然聽到音爆聲……世貿中心的側面發生爆炸，碎片像落葉一樣四散紛飛，救護車呼嘯而來。」
住在世貿中心附近公寓的傅頓表示，在北棟大樓被撞擊爆炸後，他看到一架白色巨大的雙引擎噴射飛機飛越公寓上空，他說：「我從來沒有看過飛機飛這麼低。」路透記者伍德詳細描述第二架飛機的撞擊經過說：「飛機從西邊彎過來，似乎是刻意對準南棟大樓，撞擊點比北棟大樓還要低。」
「微軟國家廣播公司」記者沃克當時正好在世貿中心內，事發時他先看到閃光，然後是轟然巨響，大樓中人們驚慌失措，飛奔逃難。當他們逃到一樓大廳時，濃煙已瀰漫整座大樓，瓦礫四處散落，大樓外許多車輛也被砸毀。沃克說：「簡直就是地獄，人們尖叫哭號，因為害怕被瓦礫與玻璃碎片擊中，根本不敢出去。」
許多在世貿中心工作的上班族雖然倖免於難，但是飽受驚嚇，有的人站在街道上全身顫抖，看著兩座大樓的倒塌，有的人毫無目的四處漫遊，邊走邊哭，猶如行屍走肉。少數幾具公用電話旁擠滿了人群，爭先恐後要打電話通知親友。整個曼哈頓區的街道上到處都是泥土塵埃，有些地方灰燼堆積達七、八公分厚。數以千萬計的文件紙張撒滿了鄰近的布魯克林區，迤邐三哩之長。
事件發生約一個小時後，紐約市各大醫院開始湧進大批傷患，多半是嚴重燒傷。所有醫護人員緊急集合，急診室排滿了擔架，許多都已經覆蓋上白布。曼哈頓聖文森醫院的史騰醫師說：「有數百名傷患，從頭到腳都被燒傷。」紐約大學市區醫院也是人滿為患，各醫院現在面臨血荒，紛紛在街頭成立臨時的捐血站，而紐約市民也慷慨捐輸，捐血站前大排長龍。
聯邦調查局指出，這兩起疑似攻擊的撞機事件與恐怖份子有關，目前確定美國航空公司（American Airline）從波士頓飛往加州的班機為撞毀的飛機之一，而美國航空公司從達拉斯飛往洛杉磯的班機也已失蹤，被懷疑是第二架撞毀的飛機。
據聯邦調查局了解，第一架在早上九點撞向世貿大樓的美國航空班機，原先預定於早上從波士頓飛往加州，但不知飛機為何偏出航道，據飛航安全管制中心監聽紀錄顯示，判斷該機係受到恐怖份子劫持，最後被迫飛向曼哈頓，以攻擊式的自殺方式撞向世貿大樓，該機有一百四十名乘客。
同時據了解，美國航空預定從達拉斯飛往洛杉磯的第七十七號班機，因在相近時間從雷達失蹤，被懷疑是第二架撞上世貿大樓的飛機。
飛機撞毀世貿大樓時雖才過九點，不過世貿大樓及華爾街一帶的曼哈頓下城的上班族，因配合國際股市及金融作業，上班時間比一般人早，目前無法確知被撞毀的樓層中有多少死傷人數？電話線完全不通，許多焦心的家屬在等候進一步消息。
同時世貿大樓因為是這一地區最高的大樓，很多國際電信、網路、電視、衛星發射頻道都架設於大樓樓頂，因為大樓嚴重毀損，紐約地區的電話、呼叫器及電視頻道都限於斷線的境況，包括美國電視（ＡＢＣ）、福斯電視、公共電視、紐澤西地方電視台等，都無法送出視訊，頻道畫面一片漆黑。
